然后员工向人力资源和社会保障局提起诉讼。我们的企业该怎么办？

企业应积极应对员工起诉，依法处理纠纷。依据《劳动争议调解仲裁法》，员工与公司纠纷需先调解或仲裁，未及时处理可能导致法律纠纷升级，影响企业声誉及正常运营。
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应对员工起诉需依法。1.调解：主动与员工沟通，寻求和解，可由第三方调解组织介入。2.仲裁：准备相关证据，向劳动争议仲裁委员会提起仲裁申请，按程序参与仲裁。3.举报处理：若涉及工资纠纷，需配合劳动行政机关调查，及时改正。4.诉讼应对：对仲裁结果不服，整理证据材料，依法向人民法院提起诉讼。
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常见处理方式有调解、仲裁、举报或诉讼。选择时应考虑纠纷性质、证据充分度及企业利益，优先调解，仲裁为必要手段，举报针对工资纠纷，诉讼为最终途径。